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El desarrollo de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales en la Sede Manizales es el resultado de un constante proceso de transformación, orientado siempre a fortalecer la academia, la investigación y el trabajo interdisciplinario en la región.
El proceso para llevar a cabo la conformación de la Facultad tuvo su génesis con la aplicación del Acuerdo 16 de 1986 del Consejo Superior Universitario, que modificó la estructura académica de la Seccional Manizales creando la Vicerrectoría.
Posteriormente, el Acuerdo 33 de 1989 determinó la estructura académica de la Seccional y abrió el camino para que el Consejo de Sede debatiera ampliamente propuestas de modificación estructural, animando siempre la participación activa de la comunidad universitaria en estos foros.
Durante el segundo semestre de 2005, el Consejo de Sede se reunió en sesiones ampliadas y presentó al Consejo Académico la propuesta final para la creación de la facultad, siendo recomendada favorablemente.
Tras algunos ajustes, en la sesión 08 del 21 de marzo de 2006, el Consejo Superior Universitario aprobó definitivamente la propuesta. Así se modificó la estructura de la Sede Manizales, quedando conformada por tres grandes pilares:
* El Consejo de Sede asumió el rol de articulador para garantizar la prestación de servicios cruzados, asignaturas conjuntas e investigaciones multidisciplinarias en red.
La acreditación es un reconocimiento estatal que otorga evidencia pública de la alta calidad educativa. Durante este periodo, la Facultad consolidó su prestigio a nivel nacional: